A Igreja Católica na terra de “fogo e vento” do Azerbaijão, entre o Cáucaso e o Mar Cáspio, foi confiada aos Salesianos da inspetoria eslovaca, no ano 2000. Dez salesianos presentes em Baku são missionários pioneiros não só no âmbito da Congregação, mas também de toda a Igreja Católica: a comunidade salesiana de Baku anima a única presença católica no País e, junto com as Missionárias da Caridade, congregação fundada por Madre Teresa, desenvolve atividades pastorais, sociais e educativas, em um país pós-soviético, de grande maioria muçulmana. Desde setembro de 2015 duas Filhas de Maria Auxiliadora também estão presentes em Baku, em vista da próxima abertura de uma sua obra.
No dia 29 de abril de 2011 a Santa Sé e o Azerbaijão firmaram uma Concordata que regula os relacionamentos jurídicos entre a Igreja Católica e o Estado, e foi graças à qual que, em 4 de agosto de 2011, foi criada a Prefeitura Apostólica do Azerbaijão.
